In 1599 kocht de Friese compagnie de Pekeler venen langs het riviertje de Pekel Aa van de eigenerfden van Winschoten. Hiermee wordt onder leiding van Feicke Alles Clocq begonnen met de vervening van het gebied. Men begon met het afgraven van turf in wat later Oude Pekela zou worden en werkte langzamerhand in zuidelijke richting. Geredeneerd vanuit de stroomrichting van het water van de Pekel Aa werkte men van benedenstrooms naar bovenstrooms. Oorspronkelijk heette Oude Pekela dan ook Beneden Pekela. De naam Oude Pekela werd pas de officiële benaming toen er aan het begin van de negentiende eeuw burgerlijke gemeenten werden gevormd.
In 1635 maakte de stad Groningen zich er meester van het gebied en stichtte hier in 1640 een kerk en een school. Hierbij splitste Oude Pekela zich in dat jaar als zelfstandig kerspel van het kerspel Winschoten waartoe het tot die tijd behoorde.
Detail uit de kaart van Westerwolde door Cornelis Pijnacker uit 1634
Voor de ontwatering van het veen, de afvoer van de turf en de aanvoer van allerlei goederen begon men de rivier de Pekel A in het begin van de 17e eeuw bevaarbaar te maken. De Pekel Aa dat uit het Hoetmansveen ontspring en uitmondt in de Westerwoldsche Aa is in 1728 vergraven tot een kanaal “Het Pekeler hoofddiep”. Vanuit het Pekeler hoofddiep werden wijken landinwaarts gegraven. Zo ontstonden ca. dertig haaks op het hoofddiep aangelegde wijken met lange, rechte wegen. Deze waren niet alleen noodzakelijk voor de aan- en afvoer van producten, maar ook voor de waterbeheersing van het gebied. De kanalisatie ging gepaard met de aanleg van een drietal sluizen (verlaten) om het hoogteverschil te overbruggen. Pas in 1877 werd de vierde sluis, een koppelsluis, dicht bij Stadskanaal gebouwd. Daarmee was het Pekelder Diep verbonden met het Stadskanaal. In 1915 was er in de voormalige gemeenten Oude en Nieuwe Pekela bijna geen veen meer. Een laatste restant in Oude Pekela werd in de crisisjaren dertig nog als werkverschaffingsproject afgegraven.
Detail uit de kadastrale kaart uit omstreeks 1830. Met in het blauw de Nederlands Hervormde kerk en de toenmalige pastorie.