Langs het gekanaliseerde riviertje de Pekel Aa vestigden zich steeds meer kolonisten, voor een niet onbelangrijk deel afkomstig uit de Duitse landen. De door de stad Groningen gestichte kerk werd in 1640 een feit met de bouw van de eerste hervormde kerk. De eerste predikant was W. Johannes. Tussen 1683 en 1685 werd de kerk herbouwd en ontstond de huidige hervormde kerk. In 1704 volgde een kerk in Nieuwe Pekela (Boven Pekela) waarbij er een nieuw kerspel Nieuwe Pekela ontstond. Tot 1795 werd het kerspel Oude Pekela grotendeels bestuurd vanuit de stad Groningen, als eigenares van de meeste gronden in Pekela, en heerser over het Oldambt en Westerwolde. De door de stad aangewezen Stadsveenmeester hield toezicht over de wegen en wateren, de vervening en de ontginning.
De volmachten, die meestal om de twee jaar door de kerspellieden uit hun midden werden verkozen, zorgden voor diverse gemeenschappelijke zaken, zoals de zorg voor het onderwijs, de armenzorg, waterstaatkundige aangelegenheden en het heffen van belastingen. Tijdens de Franse overheersing van 1795-1811 vonden er ingrijpende bestuursveranderingen plaats. De oude kerspelorganisatie verdween en er ontstonden geleidelijk plaatselijke gemeentelijke besturen, die van velen de taken van de kerspelbesturen overnamen. Ook de bestuurlijke invloed van de stad Groningen verdween.
Tijdens de regering van koning Lodewijk Napoleon werd er in 1808 één burgerlijke gemeente Pekela gevormd, maar bij de inlijving van ons land bij Frankrijk in 1810 vond weer een grote bestuurswijziging plaats en werden Oude en Nieuwe Pekela twee aparte gemeenten, ieder met een maire, twee adjuncten en een conseil municipale; later respectievelijk genoemd burgemeester (schout), wethouders (assessoren) en gemeenteraad. De predikanten werd het recht van zegelen ontnomen en in 1812 werd tot notaris benoemd mr.
S. Piccardt te Oude Pekela. Vijftig jaar later kreeg de notaris als standplaats Nieuwe Pekela. Bij wet van 14 september 1989 werd de gemeentelijke herindeling van de provincie Groningen een feit. Ingaande 1-1-1990 werden de gemeenten Nieuwe Pekela en Oude Pekela samengevoegd tot één gemeente Pekela.